Handhaving
De NVWA inspecteert op de eisen voor dierenwelzijn bij bedrijfsmatige houders van dieren. Zij voeren inspecties uit om het dierenwelzijn te beschermen. Dat gebeurt bij beroepsmatige houders van o.a. landbouwhuisdieren. De inspecties zijn onaangekondigde en steekproefsgewijs. De kosten voor aanvullende, officiële controles voor diergeneesmiddelen, dierenwelzijn en diergezondheid wordt bij de gecontroleerde veehouders. in rekening gebracht. Bij overtreden van de dierenwelzijnswetgeving, kunnen sancties worden opgelegd en naast een proces-verbaal of boeterapport, ook gekort worden op de inkomenssteun. Daarnaast kan er bestuursrechtelijk opgetreden worden om het welzijn van bedrijfsmatig gehouden dieren die ernstig geschaadt zijn te herstellen. Een dierenarts kan ook worden aangeklaagd als die niet zorgvuldig heeft gehandeld. 

Aanklacht aanvechten
Indien u betwist dat u de veroorzaker bent van het dierenleed of van fraude, of u bent het niet eens met de maatregelen die zijn opgelegd, of u bent niet eens met de boete, dan kunt u bezwaar maken en beroep instellen bij de bestuursrechter. Ook belanghebbende kunnen beroep instellen bij de bestuursrechter indien zij van mening zijn dat iemand geen maatregelen neemt om dierenmishandeling te voorkomen. Vanwege de complexiteit van de regels rondom dierenrechten en dierenmishandeling, is het raadzaam om een advocaat in te schakelen.  

(contra)Onderzoek
In de huidige digitale digitale tijdperk krijgt men sneller te maken met negatieve publiciteit en kan een organisatie (verder) reputatieschade lijden als die geen verweer voert en geen maatregelen treft om de verweten gedraging in de toekomst te voorkomen. Wanneer er sprake is van zeer bijzondere omstandigheden, waarin ernstige verdenkingen zijn gerezen, ter zake van ernstige misstanden binnen een organisatie, kan worden besloten om een onderzoek te starten. De overheid zal moeten bewijzen dat de organisatie of personeel zich wel of niet aan de geldende regels en normen heeft gehouden. De vermoedens moeten onderbouwd met bevindingen uit een onafhankelijk en betrouwbaar onderzoek. Een onderzoeksrapportage moeten worden aangebracht dat als sterk bewijs moet dienen. Met het onderzoek wordt mogelijk een duidelijk signaal afgegeven en moet de preventieve werking ervan uitgaan. Het is van belang om de mogelijke misstanden en integriteitsschending te laten toetsen door een onafhankelijk partij om vast te kunnen stellen of de mogelijke misstanden toerekenbaar is aan een gehele organisatie of aan bepaalde personeel en of een eventuele eerdere interne onderzoek en de informatie rondom het feitencomplex op zorgvuldige wijze is uitgevoerd en verkregen. De mogelijke misstanden moet kunnen worden toegerekend aan de gehele organisatie of bepaalde personeel en de maatregelen die eventueel daarop volgen moet in verhouding staan tot de verweten misstanden. Een extern (integriteits)onderzoek kan helderheid bieden en kunnen geruchten of vermoedens met feiten worden onderbouwd of juist worden ontzenuwd.